Το ακαδημαϊκό έτος αρχίζει την 1η Σεπτεμβρίου κάθε χρόνου και λήγει την 31η Αυγούστου του επομένου. Το εκπαιδευτικό πρόγραμμα σπουδών κάθε ακαδημαϊκού έτους κατανέμεται χρονικά σε δύο εξάμηνα, χειμερινό και εαρινό. Οι προπτυχιακές σπουδές (σπουδές πρώτου κύκλου) στη Σχολή ΗΜΜΥ διαρκούν συνολικά πέντε (5) έτη ή αλλιώς δέκα (10) εξάμηνα, στα οποία συμπεριλαμβάνεται και η εκπόνηση διπλωματικής εργασίας. Το Α’ έτος σπουδών περιλαμβάνει το 1ο και το 2ο εξάμηνο, το Β’ έτος σπουδών το 3ο και το 4ο εξάμηνο, και ούτω καθ’ εξής.
Κάθε εξάμηνο περιλαμβάνει τουλάχιστον δεκατρείς (13) πλήρεις εβδομάδες για διδασκαλία. Αν για οποιονδήποτε λόγο ο αριθμός των εβδομάδων διδασκαλίας που πραγματοποιήθηκαν σε ένα μάθημα είναι μικρότερος από τις δεκατρείς (13), το μάθημα θεωρείται ότι δεν διδάχθηκε και δεν εξετάζεται.
Οι αργίες στη διάρκεια του ακαδημαϊκού έτους είναι οι εξής.
α. Χειμερινό εξάμηνο
η 28η Οκτωβρίου (επέτειος ΟΧΙ)
η 17η Νοεμβρίου (επέτειος Πολυτεχνείου)
η 21η Νοεμβρίου (εορτή Εισοδίων της Θεοτόκου – εορτή της πόλης των Χανίων)
από 24 Δεκεμβρίου έως 6 Ιανουαρίου (διακοπές Χριστουγέννων/Δωδεκαημέρου)
β. Εαρινό εξάμηνο
η Καθαρά Δευτέρα (έναρξη Μεγάλης Τεσσαρακοστής)
η 25η Μαρτίου (επέτειος Επαναστάσεως 1821)
η Μεγάλη Εβδομάδα και η Διακαινήσιμος Εβδομάδα (διακοπές του Πάσχα)
η 1η Μαΐου (Πρωτομαγιά)
η ημέρα των φοιτητικών εκλογών (ορίζεται από την ΕΦΕΕ)
η Δευτέρα του Αγίου Πνεύματος
Τα μαθήματα που διδάσκονται στη Σχολή ΗΜΜΥ έχουν διάρκεια ενός εξαμήνου και περιλαμβάνουν
από έδρας διδασκαλία του μαθήματος,
φροντιστήρια και φροντιστηριακές ασκήσεις,
εργαστηριακές ασκήσεις,
πρακτική εξάσκηση των φοιτητών,
πραγματοποίηση σεμιναρίων ή άλλων δραστηριοτήτων για την εμπέδωση των γνώσεων.
Το αναλυτικό πρόγραμμα σπουδών της Σχολής ΗΜΜΥ καταρτίζεται για κάθε ακαδημαϊκό έτος στο τέλος του προηγούμενου ακαδημαϊκού έτους. Το πρόγραμμα σπουδών περιέχει
τους τίτλους και τους κωδικούς των μαθημάτων,
τις πιστωτικές μονάδες (ECTS) κάθε μαθήματος,
τις εβδομαδιαίες ώρες διδασκαλίας, φροντιστηρίων και εργαστηρίων κάθε μαθήματος,
τα απαραίτητα προαπαιτούμενα μαθήματα κάθε υποχρεωτικού μαθήματος,
τα συνιστώμενα προαπαιτούμενα μαθήματα κάθε μαθήματος,
την αναλυτική περιγραφή της ύλης του κάθε μαθήματος,
την κατανομή και τη διάρθρωση των μαθημάτων ανά εξάμηνο σπουδών.
Τα μαθήματα χωρίζονται σε δύο κατηγορίες: (α) τα υποχρεωτικά μαθήματα και (β) τα κατ’ επιλογή υποχρεωτικά μαθήματα. Η πρώτη κατηγορία περιλαμβάνει μαθήματα κορμού τα οποία παρέχουν βασικές γνώσεις και πρέπει όλα ανεξαιρέτως να ολοκληρωθούν επιτυχώς από όλους τους φοιτητές της Σχολής. Η δεύτερη κατηγορία περιλαμβάνει ένα μεγάλο αριθμό εξειδικευμένων μαθημάτων, από τα οποία καλείται ο κάθε φοιτητής να επιλέξει και να ολοκληρώσει επιτυχώς έναν ικανό αριθμό για τη λήψη του διπλώματος. Στη δεύτερη κατηγορία περιλαμβάνονται και ξενόγλωσσα μαθήματα, με τη δυνατότητα συμμετοχής και αλλοδαπών φοιτητών του προγράμματος Erasmus, για να δοθεί η δυνατότητα και στον ημεδαπό φοιτητή να εξοικειώνεται με τη διεθνή ορολογία. Ωστόσο δεν επιτρέπεται να επιλεγεί ξενόγλωσσο μάθημα αν ο φοιτητής έχει ήδη επιτύχει στο αντίστοιχο ελληνόγλωσσο μάθημα, και το αντίστροφο.
Η διάρθρωση και η σειρά διαδοχής των μαθημάτων στα διάφορα εξάμηνα σπουδών είναι ενδεικτική, με εξαίρεση την αλληλουχία προαπαιτούμενων και εξαρτώμενων υποχρεωτικών μαθημάτων. Η διάρθρωση αυτή αποτελεί το κανονικό πρόγραμμα σπουδών της Σχολής. Η τήρησή της εξασφαλίζει τη φυσιολογική και πλέον σκόπιμη σειρά παρακολούθησης των μαθημάτων για την εύκολη και άνετη φοίτηση στη Σχολή ΗΜΜΥ και για την περάτωση των σπουδών και την απόκτηση του τίτλου του Διπλωματούχου Μηχανικού μέσα σε πέντε (5) έτη.